针对公司未缴社保、您自行以灵活就业缴纳的情况，以下为您分析可能影响处理的特殊情况或例外情形：
1. 公司已破产或注销：若公司在您申请仲裁前已破产或注销，可能导致仲裁无法执行。此时，您需向破产清算组或工商部门主张权利，但补缴社保的难度会增加，因为公司已无财产可供执行。
2. 您与公司签订过“自愿放弃社保”协议：若您曾签署协议自愿放弃公司缴纳社保，虽然该协议因违反法律强制性规定而无效，但公司可能以此抗辩，仲裁委员会会结合协议签订的背景（如是否存在胁迫、是否知晓法律后果）综合判断，可能影响补缴金额的认定。
3. 灵活就业缴纳的社保与公司应缴险种不一致：若您以灵活就业身份缴纳的是养老保险和医疗保险，而公司应缴的还包括失业保险、工伤保险等，仲裁时需明确公司未缴的险种，避免遗漏请求，否则可能导致部分权益无法得到保障。
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针对公司未缴社保、您自行以灵活就业缴纳后申请仲裁的直接回复，以下结合具体法律依据进行分析：
根据《中华人民共和国劳动法》（2018年修正）第七十二条规定：“社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。” 公司作为用人单位，有为您缴纳社保的法定义务，您以灵活就业身份自行缴纳不能免除公司的责任。同时，《中华人民共和国社会保险法》（2018年修正）第五十八条明确：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。” 若公司未办理登记或未缴费，均违反上述规定。您的仲裁请求可依据这两条法规，要求公司补缴其应承担的社保费用，适用结论为：公司需补缴欠缴期间的单位应缴部分，您自行缴纳的对应单位部分可主张补偿。
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关于公司未缴社保、您以灵活就业身份自行缴纳后如何仲裁的问题，核心是要求公司补缴其应承担的社保费用。以下为您分析不同情况的处理方式：
您可以通过劳动仲裁要求公司补缴其应承担的社保部分。
1. 若公司未为您办理社保登记：您可主张公司从用工之日起30日内未办理登记的违法责任，要求补缴全部未缴期间的单位应缴部分，同时您个人以灵活就业缴纳的部分中，对应单位应承担的金额可要求公司补偿。
2. 若公司已办理社保登记但未缴费：您可要求公司补缴欠缴期间的单位应缴部分，您自行以灵活就业缴纳的费用中属于单位义务的部分，可向公司追偿。
3. 若您与公司劳动关系存续：需明确未缴社保的具体时间段，仲裁时需提交劳动关系证明（如劳动合同、工资流水）及您的灵活就业社保缴纳记录，证明公司未履行缴费义务。
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针对公司未缴社保、您自行以灵活就业缴纳的情况，以下为您分析可能出现的法律风险点：
1. 诉讼时效风险：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，您2021年1月发现公司未缴2020年社保，但直到2022年2月才申请仲裁，此时已超过时效，仲裁委员会可能驳回您的请求。
2. 证据链不完整风险：若您仅提供灵活就业社保缴纳记录，未提供劳动合同、工资条等劳动关系证明，公司可能抗辩与您不存在劳动关系，导致仲裁请求不被支持。例如，您提交的社保记录显示为灵活就业，但无法证明与公司存在用工关系，仲裁委员会可能因证据不足不予受理。

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